Na Ninja 250 você paga mais caro pela grife e pelo desempenho um pouco maior.

Na Comet GTR 250 você paga pelo visual de maior porte.

Basicamente as duas me atenderiam bem. Sobre o desempenho, quase nunca iria utilizar 100% do potencial de ambas a não ser que viajasse toda semana. É uma escolha bastante pessoal.