Solução eletrônica existe sim pra alimentar o seu controle de portão: faça um dobrador de tensão, é um esquema barato e simples com diodos e capacitores, bem simples, e como a corrente requerida pelo controle é bem baixa, acredito que não haverá nenhuma restrição. Agora sinceramente, se sua moto é mesmo 6v, isso implica em menor centelha pra combustão e outros incovenientes técnicos; realmente a melhor opção é fazer a elétrica dela toda, na verdade, basicamente trocar o alternador, retificador e mais algumas coisinhas...