Rafael,

é o seguinte: os aros das irmãs Intruder são de mesmo diâmetro, 18 na dianteira e 16 na traseira. O que diferencia são as medidas dos pneus:
- Intruder 250:
dianteiro - 3.00 x 18
traseiro - 120/90 x 16
- Intruder 125:
dianteiro - 2.75 x 18
traseiro - 3.25 x 16

O pneu dianteiro pode ser o da Intruder 250 sem problemas, vai ficar levemente mais largo, mas o aro vai aceitar.
Já o pneu traseiro, tem que verificar com algum mecânico ou em alguma loja que conheça bem pneus de motos, porque a medida 120 da Trudi 250 significa que a banda de rodagem tem 12 cm de largura. A medida 3.25 da Trudi 125 é largura de banda em polegadas, ou seja, aproximadamente 8,3 cm.
São 3,7 cm a mais de largura no pneu da Intruder 250. Ou seja, tem que verificar se o pneu da 250 vai caber legal no aro da Trudi 125, sem ficar muito balão, e também se o pneu largo não vai raspar na moto, principalmente no varão do freio que fica próximo da roda traseira.

Agora os prós e contras:
- a favor: os pneus maiores e mais largos podem (podem, não é certo), oferecer mais conforto para rodar, e uma frenagem melhor, pela maior área de contato com o solo. A moto vai ficar quase nada mais alta, mas ficará levemente inclinada pela altura maior dos pneus de Trudi 250. Por causa dessa altura maior, você acabou aumentando o diâmetro das rodas da Trudi 125, então, em velocidade e na quinta marcha, você vai ver que o motor vai girar em rotação um pouco mais baixa que o normal.
- contra: a moto vai sofrer mais para arrancar, há mais inércia para vencer, e pelo que mencionei acima, do diâmetro maior da dupla roda/pneu, ela vai perder um pouco, talvez bem pouco, de torque. Não vejo nisso um problema, porque a Intruder 125 tem uma sobrinha de torque em média e alta rotação e vai vencer legal as eventuais subidas e arrancadas.

Eu recomendo então verificar primeiro se o pneu que você quer vai casar bem com o aro traseiro e não raspar na moto. Se tudo OK, vai fundo, porque o pneu dianteiro é moleza, é tirar o pneu 2.75 e espetar o pneu 3.00.
Outra coisa: ao colocar os pneus mais largos, você deve colocar junto novas câmaras de ar para a medida deles. E verificar qual a calibragem recomendada, tenho a impressão que seria a mesma, 25 na frente e 29 atrás, só com o piloto.

Boa sorte, depois conta pra gente o que rolou!

Abraço. Até.